Santa Elena tiene un gran Patrimonio Natural, y esto es debido a que la totalidad de la extensión del Parque Natural Despeñaperros, está dentro del término municipal. Dentro de Despeñaperros podemos destacar entre otros muchos algunos de estos parajes;

Los Organos

Declarado Monumento Natural de Andalucía. Este Monumento Natural es uno de los lugares más destacados del Desfiladero de Despeñaperros, donde se alzan un conjunto de enormes columnas de roca que se asemejan a los tubos de un órgano de una gran catedral. Aumenta la belleza de este paraje el contraste cromático del gris de las rocas con el intenso amarillo y anaranjado de las diferentes especies de líquenes que aquí sobreviven.

Desde el cercano mirador se puede contemplar este monumento, cuyo origen es sorprendente. Hace 500 millones de años toda el área estaba cubierta por el mar, aunque con poca profundidad, por lo que fue rellenándose de arenas y arcillas traídas por los ríos que allí desembocaban desde la meseta ibérica. Fue hace 300 millones de años cuando las fuerzas de la tierra hicieron emerger estas tierras y desde entonces, la erosión del río, las lluvias y el viento han ido esculpiendo el relieve, creando hermosas formas como estos órganos. Sobre estas rocas, encinas, alcornoques y matorral han encontrado su sustrato, formando un bosque mediterráneo en el que habitan ginetas, garduñas y numerosas rapaces.

El Desfiladero de Despeñaperros ha sido lugar de asentamiento de muchas civilizaciones. En este Monumento, el hombre prehistórico dejó un importante legado en forma de pinturas rupestres. Restos de otras civilizaciones, como la Íbera, se pueden contemplar en el Collado de los Jardines. Muy cerca, está la aldea de Tolosa, donde tuvo lugar la conocida como Batalla de las Navas de Tolosa, punto de inflexión en la conquista cristiana sobre el dominio musulmán. También estas tierras fueron escenario de hechos destacados en la Guerra Civil española y de la Independencia frente a los franceses.

Abrigo de Los Órganos 

Agreste paraje que fue habitado desde muy antiguo, como lo demuestran las pinturas rupestres halladas en la zona; desde este lugar podremos contemplar los pinares de repoblación (pinos carrascos, negrales y piñoneros) y el sotobosque de alcornoques, quejigos, encinas y madroños, que constituyen el paisaje típico del Parque Natural. 

Emplazamiento: Al norte de la localidad, en pleno Parque Natural de Despeñaperros.

Distancia: 12 km.

Medio: En vehículo turismo, primero, y luego a pie.

Vía de acceso: Saliendo del pueblo por la autovía de Andalucía en sentido Madrid y tomando un sendero que conduce directamente al enclave.

El Empedraíllo 

Se trata de los interesantes restos de un pequeño tramo de la calzada romana que unía Cástulo (Linares) y las minas de galena de El Centenillo con Toledo. Desde este enclave se divisan bellas panorámicas del Parque Natural de Despeñaperros. 

Emplazamiento: Al norte de la localidad, en pleno Parque Natural de Despeñaperros.

Distancia: 7 km.

Medio: En vehículo turismo y en todoterreno.

Vía de acceso: Por una pista forestal que conduce a la zona.

Quejigal del Collado de los Jardines 

Este enclave, que pertenece al Parque Natural de Despeñaperros, destaca por su biodiversidad; así, entre las especies vegetales presentes, figuran quejigos, alcornoques, arces y otras típicas del bosque mediterráneo húmedo. Respecto a las especies faunísticas que habitan en el entorno, citar el lobo, el lince, la nutria, el águila imperial, el águila real o el azor.

Emplazamiento: Al nordeste de la localidad, en pleno Parque Natural de Despeñaperros.

Distancia: 16 km.

Medio: Vehículo turismo.

Vía de acceso: Saliendo del pueblo por la autovía de Andalucía en sentido Madrid y tomando, a la derecha y tras recorrer unos 6 km, la J-6.110 en dirección a Aldeaquemada.

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